La rivière doit son nom au cap Rouge, promontoire situé à l'embouchure du cours d'eau.

— Autres hydronymes : Rivière du Domaine (car traversant l'ancien domaine seigneurial de Gaudarville), Carouge. Commission de toponymie

— Pour mieux visualiser la rivière et ses affluents, voir la carte « Hydrographie du bassin versant de la rivière du Cap Rouge ».

• Ruisseau Bélair
  • Ruisseau d'Eau Claire
  • Ruisseau du Trait-Carré
• Ruisseau la Scie (ruisseau à la Scie, ruisseau des Amoureux): « Dans la dernière moitié du XIXe siècle, ce cours d'eau alimentait en force hydraulique un moulin à scie situé à Sainte-Foy. À Cap-Rouge, au confluent de la rivière du Cap Rouge, on avait construit un pont de bois pour franchir ce ruisseau, appelé aussi Ruisseau des Amoureux, afin de donner accès aux moulins érigés sur le domaine seigneurial, à partir de 1778. En raison du développement résidentiel, ce cours d'eau a dû être comblé ou canalisé. » Commission de toponymie
• Anse du Cap Rouge

• Lacs Laberge
• La Suette (La Suède, La Suète) : Signifie une terre qui « sue » ou rappelle les marais de la rivière de Suèdre (Brouage, France), Commission de toponymie ou Fiche
• Marais Cap Rouge