Le couvent des Récollets situé au bord de la rivière a été désigné sous le nom de Saint-Charles, il est mis sous la protection de saint Charles Borromée. Ce nom rappelle d'un même coup la mémoire de Charles de Boves (ou Desboues), grand vicaire de l'archevêque de Rouen à Pontoise, bienfaiteur des Récollets. La même appellation a été attribuée au cours d'eau par la suite.
« Six ans auparavant, Charles Desboues ou de Boves (?-1623), grand vicaire de Pontoise (France) au service du cardinal de Joyeuse, avait organisé une quête à l'intention des Récollets qui s'apprêtaient à partir pour le Canada. Son don était assorti d'une demande : que le nom de la rivière Sainte-Croix soit changé pour celui de Saint-Charles. Les Récollets ont donc répondu au vœu émis par leur bienfaiteur. » Commission de toponymie
— Autres hydronymes : Petite Rivière (depuis au moins le début du XVIIe siècle), Rivière Sainte-Croix (par Jacques Cartier), Kabir Kouba (apparemment par les Montagnais, qui signifie « rivière aux milles détours »), Oria'enrak (par les Wendats, qui signifie « rivière à la truite ») Commission de toponymie
— Pour mieux visualiser la rivière et ses affluents, voir la carte « Hydrographie du bassin versant de la rivière Saint-Charles ». Aller sur le site de l'Organisme des bassins versants de la capitale pour des cartes plus détaillées des sous-bassins de la rivière Saint-Charles.
