La rivière passe sur le territoire d'une ville du même nom.

— Autres hydronymes : Ruisseau de Lours (par Samuel de Champlain), Rivière de M. Giffar, Ruisseau Sainte-Marie, Rivière Notre-Dame-de-Beauport, Ruisseau Rang Sainte-Thérèse (nom local pour la partie de la rivière Beauport du lac John à la rue Seigneuriale) Commission de toponymie

— Pour mieux visualiser la rivière et ses affluents, voir la carte « Hydrographie du bassin versant de la rivière Beauport ».

• Lac John
• Lac Caché
• Lac Poulin
• Ruisseau Rouge
• Ruisseau du Mélèzin: « Ce ruisseau doit son nom à un bois situé à proximité et dénommé « Le Mélézin ». Ce sont les résurgences d'eau naturelles situées dans ce boisement de mélèze qui contribuent à l'alimentation du ruisseau du Mélézin. » Commission de toponymie
• Ruisseau Peuvret: « Son nom rappelle le souvenir de Marie-Catherine Peuvret (1667-1739). Celle-ci naît à Québec, le 13 janvier 1667, dans une famille appartenant à l'élite coloniale. Elle reçoit son éducation chez les Ursulines puis, à 16 ans, épouse Ignace Juchereau Duchesnay, avec qui elle aura dix-sept enfants. Issus de familles prestigieuses et ayant tous deux une filiation avec Joseph Giffard, seigneur de Beauport, les jeunes époux reçoivent en cadeau de mariage de celui-ci la seigneurie de Beauport, située près de Québec. » Commission de toponymie

• Les Cascades (chute de la rivière Beauport, chute du Moulin à l'Huile): « La chute était connue autrefois sous le nom de Chute du Moulin à l'Huile par suite de la construction, en 1857, d'un moulin où l'on extrayait l'huile de lin, à proximité d'ailleurs de l'ancien moulin banal de la seigneurie de Beauport. Les Cascades occupent une tranchée creusée dans le calcaire Trenton par un ancien bras de la rivière Montmorency, lit dont l'actuelle rivière Beauport a hérité. » Commission de toponymie